Museo de Regla y sus misioneros

El Museo de Regla se encuentra ubicado en la primera planta del Santuario, donde anteriormente existían celdas para los franciscanos.
Este museo le brinda homenaje a dos grandes referentes: la Virgen de Regla y los misioneros, que recibieron ante el altar de la Virgen la Cruz de Misioneros. A su vez está dividida en grandes salas: La Sala de Misiones, dividida en tres secciones: La primera hace mención a Marruecos. A partir de una explicación de por qué San Francisco quería a sus hijos allí, se muestra el quehacer habitual de los franciscanos en esa tierra y algunos elementos propios del país. A continuación, en la sección de Tierra Santa se exhibe una colección numismática donde se pueden encontrar monedas que aparecen en la biblia tanto en el Antiguo como en el Nuevo Testamento. Siguen unos restos arqueológicos del Siglo I de la ciudad de Nazaret y una colección abundantísima de imágenes de madera del Monte de los Olivos y diversos utensilios de nácar. Toda la colección se ve completada por objetos de enorme importancia como una capilla reliquia de nácar que se le iba a regalar al Papa Benedicto XVI, el bureau del Padre Lerchundi hecho con la técnica de taracea y el rosario gigante de nácar salvaje regalado hace un siglo por los misioneros de Tierra Santa que salieron de este colegio.
Termina el Museo misionero con una miscelánea de objetos traídos de China, la colección pictórica de misioneros de gran relieve y algunas piezas muy importantes como la estatuilla del dios egipcio Amón. No podemos olvidar la importancia arqueológica de la Villa de Chipiona, que también tiene su reflejo recogido en estas salas, con piezas muy interesantes: un vaso de terra sigillata, el cuello de una vasija y algunas lámparas talladas. La Sala Litúrgica: El Santuario custodia una reliquia muy importante del Lignum Crucis validada por el Vaticano. Asimismo, guarda una colección amplia de reliquias de santos de todas las épocas de las que se han seleccionado las más interesantes para su exhibición. Son destacables también, entre muchos otros, cuatro ternos de distintos colores y épocas, siendo de especial relieve el que tejieron las infantas de la Casa Real en el siglo XIX. Sala de Mantos: Antes de entrar se exhibe una coraza de plata que sirvió de protección a la imagen de la Virgen durante siglos acompañada de la famosa llave del Milagro de la Virgen en las mazmorras de Granada. La joya más importante y central de esta sala es la Corona. Asimismo ocupan un lugar relevante los mantos de la Virgen: el de salida procesional, besamanos, salida de la octava, rocalla, Inmaculada y Manolete.
Una pieza curiosa es la capa votiva que los Montpensier llevaron a la proclamación del Dogma de la Inmaculada en 1850 y se conserva intacta en esta sala. Cabe mencionar algunos complementos como rostrillos, joyas más representativas de la Virgen, coronas diversas, abalorios y objetos propios del culto como los faroles del paso, los ángeles que portan el bastón de alcaldesa.